（起于辛丑年，止于癸卯年三月，总计两年有余。）
太宗文武大圣大广孝皇帝中之中贞观十五年（辛丑，公元 641 年）
春季正月甲戌日，朝廷任命吐蕃的禄东赞为右卫大将军。太宗赞赏禄东赞善于应对，打算将琅邪公主的外孙女段氏嫁给他为妻。禄东赞推辞说：“臣在本国已经有妻子，是父母为臣聘娶的，臣不能抛弃她。况且赞普还没有迎娶公主，作为陪臣的我怎么敢先娶妻呢！” 太宗更加赏识他的贤德，然而想要用厚重的恩典安抚他，最终还是没有依从他的意愿。丁丑日，太宗命令礼部尚书、江夏王李道宗手持符节，护送文成公主前往吐蕃。吐蕃赞普大为欣喜，接见李道宗的时候，完全按照女婿对岳父的礼节行事。赞普羡慕中原的服饰和仪仗卫队的华美，特意为文成公主另行修筑城郭宫室，让她居住。赞普自己也穿上丝绸衣服，前去拜见文成公主。吐蕃的百姓都有用赤褐色涂脸的习俗，文成公主厌恶这种习俗，赞普于是下令禁止涂脸；吐蕃人也逐渐改掉了猜忌凶暴的习性。赞普派遣子弟进入唐朝的国子监，学习《诗经》《尚书》等儒家典籍。
乙亥日，突厥俟利苾可汗开始率领部落渡过黄河，在原定襄城建立牙帐。他的部落拥有三万户人家，能作战的士兵有四万人，战马九万匹。俟利苾可汗还上奏太宗说：“臣蒙受陛下的殊恩，得以担任部落的首领，臣愿世世代代做陛下的一条狗，为陛下守卫北方的门户。如果薛延陀前来侵犯逼迫，臣请求率领家属进入长城以内躲避。” 太宗下诏批准了他的请求。
太宗将要驾临洛阳，命令皇太子留守京城监国，留下右仆射高士廉辅佐太子。辛巳日，太宗的车驾行至温泉，卫士崔卿、刁文懿害怕长途跋涉的劳役，希望通过惊吓太宗来使他停止出巡，于是在夜里向太宗的行宫射箭，有五支箭射到了太宗寝宫的庭院里。二人都以大逆不道的罪名被论处。三月戊辰日，太宗驾临襄城宫，此地天气既闷热又潮湿，还多有毒蛇出没。庚午日，太宗下令废弃襄城宫，将宫殿的房舍分赐给百姓居住，并罢免了将作大匠阎立德的官职。
夏季四月辛卯朔日，太宗下诏宣布，将于明年二月前往泰山举行封禅大典。
太宗认为近代以来的阴阳占卜类书籍，荒诞虚假的内容特别多，于是命令太常博士吕才与各位方术之士，校勘刊定其中可以通行的内容，共编成四十七卷。己酉日，这部书编撰完成，呈献给太宗。吕才为每一卷都撰写了序言，引经据典，考证其内容的真伪。他在为《宅经》作的序言中认为：“近代以来的巫师方士，胡乱将天下的姓氏划分为五音，比如把张姓、王姓归为商音，武姓、庾姓归为羽音，似乎是取其音韵和谐；至于把柳姓归为宫音，赵姓归为角音，又完全不伦不类。有的姓氏同出一源，却被分属宫、商两个不同的音调；有的复姓由多个字组成，却无法分辨其属于征音还是羽音。这类做法既没有依据古代的典制，在义理上也显得荒诞不经。”
在为《禄命》作的序言中认为：“禄命之书的预言，往往有一些说中了，人们便因此相信它。然而长平之战中，秦国坑杀赵国降卒四十万，这些人难道都共同触犯了‘三刑’的凶命吗？南阳郡出了那么多的富贵之士，难道这些人全都命中注定该合‘六合’的吉兆吗？如今也有同年出生、同占禄命，却贵贱悬殊的人；也有双胞胎，生辰禄命完全相同，却寿命长短截然不同的人。按照禄命之书的说法，鲁庄公理应贫贱，而且身体瘦弱、相貌丑陋，唯独能获得长寿；秦始皇理应没有官爵，纵使能得到俸禄，也缺少奴婢，人生的结局是有始有终；汉武帝、北魏孝文帝，按理都没有官爵；宋武帝的禄命与命宫都应当遭遇‘空亡’，只适宜生养长子，即使有次子，按理也应当早年夭折。这些都是禄命之书的预言明显无法应验的例证。”
在为《葬书》作的序言中认为：“《孝经》说：‘占卜选择墓地，然后将灵柩安稳地安葬在那里。’这大概是因为人去世之后，体魄要永久安息，而朝代更迭、世事变迁，山丘河川也会变迁侵蚀，这些变化都无法预先知晓，所以才要通过龟甲蓍草占卜来选择墓地。近代以来，有的人选择下葬的年月，有的人挑选墓地的风水，认为只要有一件事处置不当，就会给生者和死者都带来灾祸。按照《礼记》的规定，天子、诸侯、大夫下葬，都有固定的月份，这说明古人并不选择下葬的具体年月。《春秋》记载：‘九月丁巳日，安葬鲁定公，天下大雨，无法下葬；戊午日，太阳西斜时，才得以安葬。’这说明古人也不选择下葬的具体日子。郑国安葬郑简公的时候，掌管墓地的官员的房屋正对着送葬的道路，如果拆毁房屋，就可以在早晨下葬；如果不拆毁，就要到中午才能下葬。子产决定不拆毁房屋，这说明古人也不选择下葬的具体时辰。古代的人下葬，都在都城的北面，墓地有固定的区域，这说明古人也不选择下葬的具体地点。如今的葬书却认为，子孙后代的富贵、贫贱、长寿、夭折，都是由占卜选择墓地决定的。子文三次担任楚国的令尹，又三次被罢免；柳下惠三次担任鲁国的士师，又三次被黜退。推算他们的墓地，并没有迁徙改变过。然而那些见识浅陋的凡夫俗子，被妖言惑众的巫师迷惑，竟在亲人痛哭哀悼的时刻，忙着选择墓地，希望子孙后代能获取官爵；在亲人尸骨未寒的时刻，忙着挑选下葬的时辰，希望能谋取财物利益。有的巫师说逢到辰日不能哭泣，于是死者的家属就面带微笑，接待前来吊唁的宾客；有的巫师说有亲属属相关系的人忌讳靠近墓穴，于是死者的家属就穿着吉服，不去送葬。败坏礼教、损害教化的事情，没有比这更严重的了！” 方术之士都憎恶吕才的言论，但有识之士都认为他的言论确凿正确。
丁巳日，果毅都尉席君买率领精锐骑兵一百二十人，袭击吐谷浑丞相宣王，将他击败，斩杀了宣王及其兄弟三人。起初，丞相宣王独揽吐谷浑的朝政大权，暗中谋划袭击弘化公主，劫持吐谷浑国王诺曷钵投奔吐蕃。诺曷钵得知这个阴谋后，轻装骑马逃奔到鄯善城，他的大臣威信王率军迎接他。因此席君买才奉命率军讨伐，诛杀了宣王。吐谷浑的百姓仍然惊慌不安，太宗派遣户部尚书唐俭等人前往安抚慰问。
五月壬申日，并州的百姓前往皇宫门前，请求太宗在泰山封禅大典结束之后，驾临晋阳。太宗答应了他们的请求。
丙子日，百济国派人前来唐朝，报告百济国王扶馀璋去世的消息。太宗派遣使者册封扶馀璋的嫡子扶馀义慈为新的百济国王。
己酉日，有彗星出现在太微星座附近。太史令薛颐上书太宗说 “此时不宜东行封禅”。辛亥日，起居郎褚遂良也向太宗进言，劝阻封禅。丙辰日，太宗下诏停止举行封禅大典。太子詹事于志宁遭遇母亲去世的丧事，不久之后就被朝廷起用，恢复原职。太子李治修建宫室，妨碍了农事生产；又喜好郑国、卫国的靡靡之音。于志宁劝谏太子，太子却不肯听从。太子还宠信亲近宦官，让他们经常跟随在自己身边。于志宁上书劝谏太子说：“自从春秋时期的易牙以来，宦官倾覆灭亡国家的事例，并非只有一两起。如今殿下亲近宠信这类人，让他们欺凌侮辱士族官员，这种风气万万不可滋长。” 太子役使掌管车马的司驭等人，长达半年之久，不许他们轮流休息；又私自将突厥人达哥友引入东宫。于志宁上书直言劝谏，太子勃然大怒，派遣刺客张师政、纥干承基去刺杀于志宁。二人潜入于志宁的宅第，看到于志宁躺在草垫上，头枕着土块，为母亲守丧，最终不忍心下手，于是放弃了刺杀计划。
西突厥沙钵罗叶护可汗多次派遣使者入朝进贡。秋季七月甲戌日，太宗命令左领军将军张大师手持符节，前往西突厥，按照沙钵罗叶护可汗自称的名号，正式册封他为可汗，并赐予他鼓和大旗。太宗又命令使者携带大量的金银绢帛，走遍西域各国，购买良马。魏征劝谏太宗说：“可汗的地位还没有正式确立，陛下却先派人去购买马匹，他们必定会认为陛下的心思只在购买马匹上，册封可汗不过是个名义罢了。如果可汗能够成功即位，那么他对陛下的感激恩德之心必定会很淡薄；如果可汗没能即位，那么他对陛下的怨恨之情必定会很深。西域各国听说这件事，也会轻视大唐。马匹或许买不到，即使买到了，也不是什么好事。如果陛下能够让西域各国安定太平，那么各国的良马，不用去求，自然会送上门来。” 太宗欣然采纳了他的建议，停止了买马的举动。
乙毘咄陆可汗与沙钵罗叶护可汗相互攻伐，乙毘咄陆可汗的势力逐渐强盛起来，西域各国大多归附于他。没过多久，乙毘咄陆可汗派遣石国的吐屯率军袭击沙钵罗叶护可汗，将他生擒带回，并处死了他。
丙子日，太宗指着宫殿的房屋，对身边的大臣说：“治理天下就像建造这座房屋一样，等到营建构筑完成之后，就不要轻易改动；如果随意更换一根椽子，校正一片瓦片，在上面踩踏动摇，必定会对房屋造成损害。如果一味地羡慕奇特的功绩，随意变更法令制度，不能坚守自己的德行，那么所造成的劳苦烦扰，实在是太多了。”
太宗派遣职方郎中陈大德出使高丽国。八月己亥日，陈大德从高丽返回长安。陈大德刚进入高丽国境的时候，想要了解当地的山川地形和风俗民情，每到一座城邑，就把绫罗绸缎赠送给当地的守官，说：“我素来喜爱山水风光，这里如果有美丽的景致，我想去观赏一下。” 守官们十分高兴，便为他引路，带他四处游览，几乎走遍了高丽的全境。陈大德在途中常常遇到中原人，这些人自称：“我家原本在某某郡，隋朝末年的时候从军出征，战败后沦落在高丽，高丽人娶了我们这些流亡的人为妻，我们和高丽人交错杂居在一起，这样的中原人在这里差不多占了一半。” 这些人趁机向陈大德询问自己家乡亲戚的生死情况，陈大德哄骗他们说：“你们的亲戚都安然无恙。” 这些人听后，都流着眼泪，相互转告这个消息。几天之后，凡是看到陈大德的隋朝遗民，都在郊外田野上放声痛哭。陈大德向太宗禀报说：“高丽国听说高昌国灭亡的消息后，大为恐惧，对朝廷使者的招待礼遇，比往常更加殷勤周到。” 太宗说：“高丽原本是汉朝的四个郡，我只要调发几万大军攻打辽东，高丽必定会倾尽全国的兵力前去救援。我再另外派遣水师从东莱出发，从海路直奔平壤，水陆两路大军合力夹击，攻取高丽并不困难。只是如今崤山以东的各个州县，凋敝残破的局面还没有恢复，我不忍心再让那里的百姓遭受劳役之苦罢了。”
乙巳日，太宗对身边的大臣说：“朕有两件值得高兴的事，一件值得担忧的事。近年来粮食连年丰收，长安城里一斗粟米的价格只值三四文钱，这是第一件值得高兴的事；北方的异族已经长久臣服，边境地区没有任何忧患，这是第二件值得高兴的事。天下安定太平，就容易滋生骄奢淫逸之心；一旦滋生骄奢淫逸之心，国家的危亡就会立刻到来，这就是那件值得担忧的事啊。”
冬季十月辛卯日，太宗在伊阙山狩猎。壬辰日，太宗驾临嵩阳县。辛丑日，返回宫中。
并州大都督长史李世积在并州任职十六年，政令严明，令行禁止，无论是汉族百姓还是异族百姓，都对他心悦诚服。太宗说：“隋炀帝为了防备突厥，不惜劳役百姓，修筑长城，最终却毫无用处。朕只把李世积安置在晋阳，边境就安宁无事，他所起的作用，比起长城来，难道不是更加雄壮有力吗！” 十一月庚申日，太宗任命李世积为兵部尚书。
壬申日，太宗的车驾向西返回长安。
薛延陀真珠可汗听说太宗将要东行泰山封禅，对他的部下说：“大唐天子前往泰山封禅，朝中的文武百官和兵马随从都会一同前往，边境地区的防御必定会空虚。我要趁这个时机攻取突厥的俟利苾可汗，就像摧枯拉朽一样容易。” 于是真珠可汗命令他的儿子大度设，征发同罗、仆骨、回纥、靺鞨、霫等部落的军队，总计二十万人，渡过沙漠向南进发，屯驻在白道川，占据善阳岭，准备袭击突厥部落。俟利苾可汗无力抵抗，率领部落进入长城以内，退保朔州，并派遣使者向唐朝告急。
癸酉日，太宗命令营州都督张俭率领本部骑兵，以及奚、霫、契丹等部落的军队，进逼薛延陀的东部边境；任命兵部尚书李世积为朔州道行军总管，率领步兵六万、骑兵一千二百人，屯驻在羽方；任命右卫大将军李大亮为灵州道行军总管，率领步兵四万、骑兵五千人，屯驻在灵武；任命右屯卫大将军张士贵率领步兵一万七千人，为庆州道行军总管，出兵云中；任命凉州都督李袭誉为凉州道行军总管，出兵薛延陀的西部边境。
各位将领辞别太宗，准备出征的时候，太宗告诫他们说：“薛延陀倚仗自己势力强盛，越过沙漠向南入侵，长途跋涉几千里，战马已经疲惫瘦弱。大凡用兵的道理，看到有利的战机，就要迅速进军；看到不利的形势，就要迅速撤退。薛延陀没能趁俟利苾可汗没有防备的时候，发动突然袭击；等到俟利苾可汗进入长城之后，他们又不能迅速撤退。朕已经下令让俟利苾可汗焚烧沿途的秋草，薛延陀的粮草一天天消耗殆尽，在野外又掠夺不到任何物资。不久前侦察的人回来报告说，薛延陀的战马几乎把沿途的林木枝叶树皮都啃食光了。你们应当和俟利苾可汗相互配合，形成掎角之势，不必急于出战，等到薛延陀的军队准备撤退的时候，再一鼓作气，奋勇出击，必定能够将他们击败。”
十二月戊子日，太宗的车驾回到京城长安。
己亥日，薛延陀派遣使者入朝拜见太宗，请求与突厥和亲。甲辰日，李世积在诺真水击败薛延陀军队。起初，薛延陀攻打西突厥沙钵罗叶护可汗和阿史那社尔的时候，都是凭借步兵作战取胜。等到将要入侵唐朝的时候，薛延陀大规模训练士兵的步兵战术，让五个人编为一个战斗小组，其中一个人负责看守战马，另外四个人在前面冲锋作战，一旦战斗获胜，就立刻骑上战马追击逃敌。当时大度设率领三万骑兵进逼长城，想要袭击突厥部落，然而俟利苾可汗已经逃走，大度设知道此次袭击无法成功，就派人登上长城，辱骂俟利苾可汗。恰逢李世积率领唐朝大军赶到，尘土飞扬，遮天蔽日。大度设心中畏惧，率领他的部众从赤柯泺向北逃走。李世积挑选麾下的精锐士兵，以及突厥的精锐骑兵共六千人，取直道追击，越过白道川，在青山追上了薛延陀的军队。大度设率领部众连日奔逃，抵达诺真水后，整顿军队，准备迎战唐军，阵地连绵长达十里。突厥的军队率先出战，结果战败，向后方溃逃。大度设率领军队乘胜追击，与唐朝大军遭遇。薛延陀的士兵万箭齐发，唐朝军队的战马大多被射死。李世积命令士兵们都下马，手持长矛，向前直冲薛延陀的阵地。薛延陀的军队溃散奔逃。副总管薛万彻率领几千名骑兵，前去捉拿薛延陀军中负责看守战马的士兵。薛延陀的士兵失去了战马，顿时不知所措。唐朝大军趁机纵兵追击，斩杀敌军三千多人，俘虏五万多人。大度设脱身逃走，薛万彻率兵追击，没有追上。薛延陀的残兵逃回漠北的时候，正遇上大雪，人和牲畜被冻死的，达到了十分之八九。
李世积率领军队返回定襄。居住在五台山的突厥思结部落发动叛乱，逃走他乡，当地的州兵出兵追击。恰逢李世积的大军返回，两军合力夹击，将叛乱的思结部落全部诛杀。
丙子日，薛延陀的使者向太宗辞行，准备返回本国。太宗对他说：“我曾与你们约定，和突厥以大沙漠为界，今后如果有谁相互侵犯，我大唐就出兵讨伐谁。你们却倚仗自己的势力强盛，越过沙漠，攻打突厥。李世积率领的军队不过几千名骑兵，你们就已经狼狈逃窜到这种地步！你回去告诉你们的可汗：今后凡是采取行动，都要权衡利弊得失，要选择最适宜的做法。”
太宗问魏征：“最近朝中的大臣，为什么都不议论朝政大事了呢？” 魏征回答说：“只要陛下虚心采纳大臣的意见，就一定会有人进言。大凡做臣子的，为国献身的人少，爱惜自身的人多。他们害怕触犯陛下的旨意，会受到刑罚诛杀，这和赴汤蹈火、冒着刀枪箭矢的危险又有什么区别呢！所以从前大禹对敢于直言进谏的人，都要行跪拜之礼，确实是因为这个缘故啊。” 房玄龄、高士廉在路上遇到少府少监窦德素，便问他：“最近北门一带在营建修缮什么工程？” 窦德素将这件事上奏给太宗。太宗大怒，责备房玄龄等人说：“你们只需掌管南衙的政事就足够了，北门的一些小型营建修缮工程，和你们有什么关系！” 房玄龄等人连忙叩拜谢罪。魏征上前劝谏说：“臣不明白陛下为什么要责备房玄龄等人，而房玄龄等人又为什么要谢罪！房玄龄等人是陛下的得力助手，如同陛下的左膀右臂和耳目，对于朝廷内外的事情，难道有不应该知道的道理吗！如果北门的营建修缮工程是正确的，他们就应当协助陛下促成这件事；如果是错误的，他们就应当请求陛下停止这件事。他们向主管部门询问情况，从道理上来说，是完全应该的。臣不知道他们有什么罪过，要受到陛下的责备；也不知道他们有什么罪过，要向陛下谢罪！” 太宗听后，心中十分惭愧。
太宗曾经在上朝的时候，对身边的大臣说：“朕身为君主，常常要兼做将军和宰相的事情。” 给事中张行成退朝之后，上书太宗说：“大禹从不夸耀自己的功劳，而天下没有人能和他争功。陛下平定乱世，恢复正道，使天下重新归于太平，朝中的文武百官，确实没有谁能比得上陛下的圣明光辉；然而陛下也不必在上朝的时候，亲口说出这种话。陛下以万乘天子的尊贵身份，却与文武百官争比功劳和才能，臣私下认为陛下实在不应该这样做。” 太宗非常赞赏张行成的话。
太宗文武大圣大广孝皇帝中之中贞观十六年（壬寅，公元 642 年）
春季正月乙丑日，魏王李泰向太宗进献《括地志》一书。李泰喜爱学习，他的司马苏勖劝说李泰，效仿古代贤明的诸侯王，招揽贤才，着书立说。因此李泰上奏太宗，请求编撰《括地志》。太宗批准之后，李泰便大开馆舍，广泛招揽天下的贤才俊杰，人才纷纷前来投奔，门庭若市。李泰每月得到的财物赏赐，超过了皇太子。谏议大夫褚遂良上书太宗说：“圣人制定礼仪制度，是为了尊崇嫡子，抑制庶子。太子使用的物资，不受数量的限制，可以与君王共同享用。对庶子的宠爱，无论怎么深厚，都不能超过嫡子。这样做是为了堵塞嫌疑的苗头，根除祸乱的根源。如果应当亲近的人反而被疏远，应当尊崇的人反而被贬低，那么那些奸佞巧诈的小人，就会趁机兴风作浪。从前汉朝的窦太后宠爱梁孝王刘武，最终梁孝王忧愁而死；汉宣帝宠爱淮阳宪王刘钦，也几乎导致国家发生祸乱。如今魏王李泰刚刚离开皇宫，前往王府居住，陛下应当向他明示礼仪规矩，用谦虚节俭的美德教导他，这样才能使他成为栋梁之材。这正是古人所说的‘圣人的教化，不必严厉苛求，就能自然成功’的道理啊。” 太宗采纳了褚遂良的建议。
太宗又命令李泰迁居到武德殿。魏征上书劝谏说：“陛下喜爱魏王李泰，常常希望他能够平安无事，就应当经常抑制他的骄奢习气，不让他处于容易引起嫌疑的位置。如今让他迁居到武德殿，这座宫殿就在东宫的西边，当年海陵王李元吉曾经在那里居住过，当时的人都认为这样做不合适。虽然如今的时代和情况都与当年不同，但是恐怕魏王李泰的心中，也会因此感到不安。” 太宗说：“朕差一点就犯下这个错误。” 于是立即下令，让李泰返回自己的王府居住。
辛未日，太宗下令将判处死罪的罪犯，改判为充实西州；将判处流放、徒刑的罪犯，改判为戍守西州，各自根据所犯罪行的轻重，规定不同的戍守年限。
太宗又颁布敕令，在全国范围内搜捕没有户籍、四处游荡的人，限定在明年年底以前，让他们登记户籍，归附朝廷的编户。
太宗任命兼任中书侍郎的岑文本为正式的中书侍郎，专门掌管朝廷的机密事务。
太宗文武大圣大广孝皇帝中之中贞观十六年（壬寅，公元 642 年）
夏季四月壬子日，太宗对谏议大夫褚遂良说：“你还掌管着起居注，所记录的内容可以让我看看吗？” 褚遂良回答说：“史官记录君主的言行，详细记载善恶之事，目的是希望君主不敢作恶，从未听说过君主自己取来观看的！” 太宗说：“朕如果有不好的行为，你也会记录下来吗？” 褚遂良回答说：“臣的职责就是执笔记录，不敢不记。” 黄门侍郎刘洎说：“就算褚遂良不记录，天下的人也都会记下来。” 太宗说：“确实是这样。”
六月庚寅日，太宗下诏，允许追复息隐王李建成的皇太子名号，追封海陵剌王李元吉为巢王，谥号都沿用原来的称号。
甲辰日，太宗下诏，从今以后皇太子动用国库的物资，相关部门不必加以限制。于是太子挥霍无度，随意支取国库财物。左庶子张玄素上书劝谏说：“周武帝平定崤山以东地区，隋文帝统一江南地区，他们都勤俭爱民，都是贤明的君主；但他们的儿子却不成器，最终导致宗庙祭祀断绝。圣上与殿下是父子关系，殿下的事务既关系到家庭，又关系到国家。圣上特许殿下使用物资不受限制，这道恩旨颁布还不到六十天，殿下使用的物资就已经超过七万钱，骄奢到了极点，还有什么能超过这样的呢！况且东宫之中，正直贤良的大臣，从未在殿下身边侍奉；而那些奸邪小人、擅长淫巧技艺的人，却亲近在殿下左右。殿下在宫外的行为，已经有了这样的过失；在宫内的隐秘之事，犯下的过错恐怕更是难以计数！苦口的良药有利于治病，逆耳的忠言有利于行事，希望殿下能够居安思危，一天比一天谨慎。” 太子厌恶张玄素的上书，命令东宫的户奴趁张玄素早朝的时候，暗中用大木棍击打他，几乎将他打死。
秋季七月戊午日，太宗任命长孙无忌为司徒，房玄龄为司空。
庚申日，太宗颁布制书：“从今以后，有自残身体的人，依照法律加重治罪，并且仍然要承担赋役。” 隋朝末年，赋役繁重，百姓常常自行折断肢体，称之为 “福手”“福足”；到这时，这种陋习仍然存在，所以太宗下令禁止。
特进魏征患病，太宗亲手写下诏书慰问他，并且说：“几天没有见到你，朕的过错又增多了。如今想要亲自前去探望你，又担心会让你更加劳累。如果你有什么见闻和想法，可以密封奏章呈上来。” 魏征上书说：“近来出现弟子欺凌老师、奴婢轻慢主人、下属轻视上级的现象，这些都是有原因造成的，这种风气万万不可滋长。” 又说：“陛下临朝听政的时候，常常说要以公平公正为准则，但退朝之后处理事务，却难免有偏私之处。有时因为害怕别人知道自己的过错，就随意施加威严和愤怒，想要掩盖过错，结果反而更加明显，这最终又有什么好处呢！” 魏征的住宅没有厅堂，太宗下令停止修建一座小殿，用小殿的木材为魏征建造厅堂，五天就完工了。太宗还赏赐给魏征素色的屏风、素色的被褥、几案、手杖等物品，以满足他崇尚节俭的习性。魏征上书谢恩，太宗亲手写下诏书说：“让你得到这些赏赐，都是为了百姓和国家，不是为了你的个人私利，何必这样过分谢恩呢！”
八月丁酉日，太宗说：“当今国家什么事情最为紧迫？” 谏议大夫褚遂良说：“如今四方边境没有忧患，只有确定太子、诸王的名分最为紧迫。” 太宗说：“你说得对。” 当时太子李承乾品行不端，魏王李泰受到太宗的宠爱，群臣对此产生疑虑，议论纷纷。太宗听到后，心中十分厌恶，对身边的大臣说：“当今的群臣，论忠直，没有人能超过魏征，我派遣他辅佐太子，以断绝天下人的疑虑。” 九月丁巳日，太宗任命魏征为太子太师。魏征的病情稍有好转，前往朝堂上表推辞，太宗亲手写下诏书晓谕他说：“周幽王、晋献公因为废黜嫡子，册立庶子，导致国家危亡。汉高祖刘邦几乎废掉太子，依靠四位隐士的帮助才得以安定。我如今依靠你，正是出于这个道理。我知道你身患疾病，可以卧床辅佐太子。” 魏征于是接受了任命。
癸亥日，薛延陀真珠可汗派遣他的叔父沙钵罗泥孰俟斤前来唐朝请求通婚，进献三千匹马、三万八千张貂皮、一面玛瑙镜。
癸酉日，太宗任命凉州都督郭孝恪代理安西都护、西州刺史。高昌国的原有百姓与唐朝的镇守士兵以及被贬谪迁徙的人，在西州交错杂居。郭孝恪以诚心安抚治理他们，赢得了所有人的欢心。
西突厥乙毘咄陆可汗杀死沙钵罗叶护可汗之后，吞并了他的部众，又出兵攻打吐火罗国，将其灭亡。乙毘咄陆可汗自恃势力强盛，变得骄横傲慢，拘留唐朝的使者，侵犯骚扰西域地区，还派遣军队进犯伊州。郭孝恪率领两千名轻骑兵，从乌骨出兵截击，击败了西突厥的军队。乙毘咄陆可汗又派遣处月、处密两个部落围攻天山；郭孝恪率军击退了他们，并且乘胜攻占了处月俟斤居住的城池，追击逃敌到遏索山，降服了处密部落的部众，然后返回。
起初，高昌国被平定之后，唐朝每年都要调发一千多名士兵前往戍守。褚遂良上书劝谏说：“圣明的君主治理国家，先治理华夏，再安抚夷狄。陛下出兵攻取高昌国，导致几个州的百姓生活萧条，多年都无法恢复；每年调发一千多名士兵屯驻戍守，他们远离家乡，耗尽家产置办行装。另外，被贬谪迁徙到高昌的罪犯，都是些无赖子弟，他们只会骚扰边境，对军队作战怎么会有帮助呢！所派遣的士兵，很多都中途逃亡，徒然增加了追捕的麻烦。再加上路途遥远，经过的地方有千里沙漠，冬天的寒风如同刀割，夏天的热风如同火烧，往来的行人，很多都死在路上。假如张掖、酒泉地区出现烽火警报，陛下难道能得到高昌国的一个士兵、一斗粮食的援助吗？最终还是要调发陇右各州的兵力和粮食前去救援。既然如此，那么河西地区是中原的心脏腹地，高昌国不过是别人的手脚；为什么要耗尽根本的国力，去治理一块毫无用处的土地呢！况且陛下收服突厥、吐谷浑之后，都没有占据他们的土地，而是为他们拥立君长，安抚他们的部众，难道高昌国就不能享受这样的待遇吗！对于叛乱的人，就将其擒获；对于臣服的人，就册封他们，这样的刑罚没有比这更威严的，这样的恩德没有比这更深厚的。希望陛下重新选择一位可以拥立的高昌国子弟，让他统治高昌国，他的子孙后代，会铭记陛下的大恩大德，永远作为唐朝的藩属屏障，对内安定百姓，对外抵御外敌，这不是很好吗！” 太宗没有听从褚遂良的劝谏。等到西突厥入侵，太宗才感到后悔，说：“魏征、褚遂良劝说我重新拥立高昌国的君主，我没有采纳他们的建议，如今才开始自责啊。”
乙毘咄陆可汗向西攻打康居国，途经米国的时候，将其攻破。乙毘咄陆可汗掳获了大量的财物，却不分配给他的部下，他的将领泥孰啜擅自夺取了这些财物，乙毘咄陆可汗大怒，将泥孰啜斩首示众，他的部众都感到愤怒怨恨。泥孰啜的部将胡禄屋率领部众袭击乙毘咄陆可汗，乙毘咄陆可汗的部众溃散，他率领残部退守白水胡城。于是弩失毕各个部落以及乙毘咄陆可汗部下的屋利啜等人，派遣使者前往唐朝，请求废黜乙毘咄陆可汗，重新拥立一位可汗。太宗派遣使者携带盖有御玺的诏书，册立莫贺咄的儿子为乙毘射匮可汗。乙毘射匮可汗即位之后，以礼相待，遣返了乙毘咄陆可汗扣留的所有唐朝使者，并且率领各个部落，前往白水胡城攻打乙毘咄陆可汗。乙毘咄陆可汗出兵迎战，被乙毘射匮可汗打得大败。乙毘咄陆可汗派遣使者召集他原来的部落，原来的部落都回答说：“即使我们一千人战死，只剩下一人存活，也不会跟随你！” 乙毘咄陆可汗自知得不到部众的归附，于是向西逃奔到吐火罗国。
冬季十月丙申日，殿中监、郢纵公宇文士及去世。太宗曾经停留在一棵树下，喜爱这棵树，宇文士及在一旁不停地称赞这棵树。太宗神色严肃地说：“魏征常常劝说我远离奸佞之人，我一直不知道奸佞之人是谁，心中怀疑是你，如今看来，果然没有错！” 宇文士及叩头谢罪。
太宗对身边的大臣说：“薛延陀在漠北地区逞强，如今控制他们只有两种策略，如果不是出兵将他们消灭，就是与他们通婚，安抚他们。这两种策略，应该选择哪一种呢？” 房玄龄回答说：“中原刚刚安定，战争凶险，臣认为和亲更为妥当。” 太宗说：“好。朕作为百姓的父母，如果和亲对百姓有利，朕又何必吝啬一个女儿呢！”
在此之前，左领军将军契苾何力的母亲姑臧夫人以及弟弟贺兰州都督契苾沙门，都居住在凉州。太宗派遣契苾何力返回凉州探望母亲和弟弟，并且安抚他的部落。当时薛延陀的势力正强盛，契苾部落的人都想要归附薛延陀。契苾何力大惊说：“主上对我们的恩惠如此深厚，我们怎么能突然背叛他呢！” 他的部众说：“夫人和都督已经先前往薛延陀了，我们怎么能不去呢！” 契苾何力说：“契苾沙门孝顺母亲，我则忠诚君主，我坚决不会跟随你们。” 他的部众将他捆绑起来，带到薛延陀，安置在真珠可汗的牙帐前。契苾何力伸腿而坐，拔出佩刀，面向东方大声呼喊说：“难道有唐朝的烈士在敌寇的朝廷中受辱的吗！天地日月，希望能知道我的忠心！” 于是割下自己的左耳，以此立誓。真珠可汗想要杀死他，他的妻子劝谏，才作罢。
太宗听说契苾何力背叛，说：“这一定不是契苾何力的本意。” 身边的人说：“戎狄之人气味相投，契苾何力进入薛延陀，就如同鱼游向水一样自然。” 太宗说：“不是这样的。契苾何力的心如铁石一般坚定，他一定不会背叛我！” 恰逢有使者从薛延陀前来，详细禀报了事情的经过，太宗为契苾何力流下眼泪，对身边的人说：“契苾何力果然如我所说的那样忠诚！” 立即命令兵部侍郎崔敦礼手持符节，前往薛延陀晓谕真珠可汗，将新兴公主嫁给她，以此换回契苾何力。契苾何力因此得以返回唐朝，被任命为右骁卫大将军。
十一月丙辰日，太宗在武功县狩猎。丁巳日，营州都督张俭上奏说，高丽国的东部大人泉盖苏文杀死了高丽国王高武。泉盖苏文凶暴残忍，常常做违法乱纪的事情，高丽国王和大臣们商议要诛杀他。泉盖苏文暗中得知了这个计划，于是召集所有的部落士兵，假装要进行军事检阅，并且在城南摆下丰盛的酒宴，召集各位大臣一同前来观看，然后率领士兵将大臣们全部杀死，死了一百多人。泉盖苏文趁机骑马闯入宫中，亲手杀死高丽国王，将他的尸体砍成几段，丢弃在水沟中，册立高丽国王弟弟的儿子高藏为国王；泉盖苏文自任莫离支，这个官职相当于中原的吏部兼兵部尚书。于是泉盖苏文向远近地区发号施令，独揽高丽国的朝政大权。泉盖苏文身材高大雄伟，意气豪放，身上佩戴着五把刀，身边的人都不敢抬头看他。每次上下马的时候，常常让贵族、武将趴在地上，踩着他们的背上下马。出行的时候，必定要整顿队伍，前面的向导大声呼喊，行人都要奔逃躲避，不避沟谷，道路上没有敢通行的人，高丽国的百姓对此十分痛苦。
壬戌日，太宗在岐阳县狩猎，趁机驾临庆善宫，召集武功县的故老乡亲，设宴赏赐，极尽欢乐之后才结束。庚午日，太宗返回京城长安。
壬申日，太宗说：“朕作为亿万百姓的君主，都希望让他们富贵。如果能够用礼义教导他们，让年少的敬重年长的、妻子敬重丈夫，那么他们就都尊贵了。减轻徭役赋税，让他们各自经营自己的产业，那么他们就都富足了。如果家家户户丰衣足食，朕即使不听音乐，也会心中快乐。”
亳州刺史裴庄上奏请求讨伐高丽国，太宗说：“高丽国王高武一直向朝廷进贡，从未断绝，却被贼臣杀害，朕对此深感哀痛，一直没有忘记这件事。但是趁着人家遭遇丧事、国家混乱的时候出兵攻取，即使得到了高丽国，也并不光彩。况且崤山以东地区凋敝残破，我不忍心谈论用兵之事。”
高祖李渊进入关中的时候，隋朝的武勇郎将、冯翊人党仁弘率领两千多名士兵，在蒲坂归附高祖，跟随高祖平定京城长安，不久之后被任命为陕州总管。唐朝大军向东讨伐的时候，党仁弘负责转运粮草，从未断绝。党仁弘历任南宁、戎、广州都督，他富有才智谋略，在所任职的地方都留下了良好的声誉，太宗非常器重他。然而党仁弘生性贪婪，罢任广州都督之后，被人告发，贪污的财物达一百万之多，按照法律应当判处死刑。太宗对身边的大臣说：“我昨天看到大理寺五次上奏，请求诛杀党仁弘，我哀怜他年老白头却要被处死，当时正在吃晚饭，于是下令撤掉餐桌；但是我想为他寻找一条生路，最终却没有找到合适的办法。如今我想要违背法律，向你们请求饶他一命。” 十二月壬午朔日，太宗再次召集五品以上的官员，在太极殿前集合，对他们说：“法律是君主从上天那里接受的，不能因为个人的私情而失信于天下。如今我因为私情偏爱党仁弘，想要赦免他的死罪，这是扰乱国家法律，上辜负了上天。我想要在南郊铺上草席，每天只进一次素食，用三天的时间向上天谢罪。” 房玄龄等人都说：“生杀大权，是君主所独有的，陛下何至于这样自我贬责呢！” 太宗没有答应，大臣们在庭院中叩头，坚决请求太宗收回成命，从早晨一直到太阳西斜，太宗才降下亲手写的诏书，自称：“朕有三项罪过：一是知人不明，二是以私乱法，三是奖赏善行不够、惩罚恶行不严。因为你们坚决劝谏，所以我暂且依照你们的请求，赦免党仁弘的死罪。” 于是将党仁弘贬为平民，流放到钦州。
癸卯日，太宗驾临骊山温泉；甲辰日，在骊山狩猎。太宗登上山顶，看到狩猎的包围圈有断裂的地方，回头对身边的人说：“我看到包围圈不整齐，却不惩罚相关的人，就会败坏军法；如果惩罚他们，就是我登高临下，刻意寻找别人的过错。” 于是借口道路险峻，拉着马缰绳进入山谷，避开了这个问题。乙巳日，太宗返回宫中。
刑部认为，谋反叛逆罪的连坐法中，兄弟被没入官府为奴的处罚过轻，请求改为死刑。太宗下令让八座官员商议这件事，参与商议的人都认为 “秦、汉、魏、晋时期的法律，谋反的人都要被诛灭三族，如今应当按照刑部的请求，将兄弟连坐改为死刑”。给事中崔仁师反驳说：“古代父子兄弟之间，罪责互不牵连，为什么要用秦朝的残酷法律，改变周朝的中等刑罚呢！况且诛杀谋反者的父子，已经足以让他们的内心感到痛苦，如果连这一点都不顾及，又怎么会爱惜他们的兄弟呢！” 太宗采纳了崔仁师的建议。
太宗问身边的大臣说：“自古以来，有的君主昏乱但臣子却能把国家治理好，有的君主贤明但臣子却昏乱，这两种情况相比，哪一种更好呢？” 魏征回答说：“君主贤明，那么善恶的奖赏和惩罚就会得当，臣子怎么会昏乱呢！如果君主昏乱，放纵暴虐，刚愎自用，拒绝劝谏，即使有贤良的臣子，又能有什么作为呢！” 太宗说：“齐文宣帝昏乱，却得到了杨遵彦的辅佐，这难道不是君主昏乱但臣子治理得好的例子吗？” 魏征回答说：“杨遵彦的才能只不过是挽救国家的危亡罢了，哪里算得上是把国家治理好呢！”
太宗文武大圣大广孝皇帝中之中贞观十七年（癸卯，公元 643 年）
春季正月丙寅日，太宗对群臣说：“我听说外面的士人百姓因为太子有脚疾，而魏王李泰聪慧机敏，常常跟随我出游，于是就产生了非议，那些妄图侥幸获利的人，已经有依附魏王的了。太子虽然脚有毛病，但并不妨碍行走。况且按照《礼记》的规定：嫡子去世，应当立嫡孙为继承人。太子的儿子已经五岁了，我终究不会用庶子取代嫡子的宗嗣地位，开启他人觊觎皇位的根源。”
郑文贞公魏征病重卧床，太宗派遣使者前去慰问，赏赐药物，使者在路上络绎不绝。太宗又派遣中郎将李安俨在魏征的宅第留宿，随时禀报魏征的病情变化。太宗还和太子一同前往魏征的宅第，指着衡山公主，想要将她嫁给魏征的儿子魏叔玉。戊辰日，魏征去世，太宗命令九品以上的文武百官都前往吊丧，赐给羽葆鼓吹，让魏征陪葬昭陵。魏征的妻子裴氏说：“魏征一生节俭朴素，如今用一品官员的仪仗安葬他，这并不是他的意愿。” 于是全部推辞，没有接受，用布车装载着魏征的灵柩下葬。太宗登上宫苑的西楼，望着魏征的灵柩痛哭，极尽哀痛之情。太宗亲自为魏征撰写碑文，并且亲自书写在石碑上。太宗对魏征思念不已，对身边的大臣说：“人们用铜做镜子，可以整理衣冠；用古代的历史做镜子，可以看到国家的兴衰更替；用人做镜子，可以知道自己的得失。魏征去世了，朕失去了一面镜子啊！”
鄠县县尉游文芝告发代州都督刘兰成谋反，戊申日，刘兰成被判处腰斩。右武侯将军丘行恭挖出刘兰成的心肝吃掉。太宗听说后，责备他说：“刘兰成谋反，国家有固定的刑罚，何至于做到这种地步！如果认为这样是忠孝之举，那么太子和诸王应该先吃掉他的心肝，哪里轮得到你呢！” 丘行恭感到惭愧，叩头谢罪。
二月壬午日，太宗问谏议大夫褚遂良说：“舜帝制造漆器，劝谏他的有十多个人。这有什么值得劝谏的呢？” 褚遂良回答说：“奢侈是国家危亡的根源；制造漆器都不停止，接下来就会制造金玉器物。忠臣爱护君主，一定会防范祸患的苗头，如果祸乱已经形成，就没有什么可以劝谏的了。” 太宗说：“你说得对。朕如果有过错，你也应当在苗头出现的时候就劝谏。朕看到前代的帝王，拒绝劝谏的时候，大多会说‘已经做了’，或者说‘已经答应了’，最终都不加以改正。像这样，想要不陷入危亡，可能吗？”
当时，皇子担任都督、刺史的大多年幼，褚遂良上书劝谏说：“汉宣帝说：‘与我共同治理天下的，难道不是那些优秀的郡守吗？’如今皇子年幼，还不知道如何处理政务，不如暂且将他们留在京城，用儒家经术教导他们，等到他们长大之后再派遣他们前往封地。” 太宗认为褚遂良说得对。
壬辰日，太宗任命太子詹事张亮为洛州都督。侯君集自认为立下大功，却被交付司法部门治罪，心中怨恨，产生了谋反的念头。张亮出任洛州都督，侯君集刺激他说：“是谁排挤你？” 张亮说：“除了你还有谁呢！” 侯君集说：“我平定了一个国家，却遭到了像房子一样大的怨恨，怎么能排挤别人呢！” 于是捋起袖子说：“我心中郁闷，实在无法活下去了！你能谋反吗？我和你一起谋反！” 张亮暗中将这件事禀报给太宗。太宗说：“你和侯君集都是功臣，说话的时候身边没有其他人，如果将侯君集交付司法部门，他一定不会服罪。这样一来，事情的结果就难以预料了，你暂且不要说出去。” 太宗仍然像往常一样对待侯君集。
鄜州都督尉迟敬德上表请求退休；乙巳日，太宗任命尉迟敬德为开府仪同三司，允许他每五天入朝一次。
丁未日，太宗说：“君主只有一颗心，但是攻伐这颗心的人却有很多。有的人凭借勇力，有的人凭借口才，有的人凭借谄媚，有的人凭借奸诈，有的人凭借贪欲，他们纷纷聚集过来，各自想要推销自己，以获取宠爱和俸禄。君主稍微有所懈怠，接受了其中一种人的影响，危亡就会随之而来，这就是君主难以治理好国家的原因啊。”
戊申日，太宗下令在凌烟阁绘制功臣的画像，他们分别是：赵公长孙无忌、赵郡元王李孝恭、莱成公杜如晦、郑文贞公魏征、梁公房玄龄、申公高士廉、鄂公尉迟敬德、卫公李靖、宋公萧瑀、褒忠壮公段志玄、夔公刘弘基、蒋忠公屈突通、郧节公殷开山、谯襄公柴绍、邳襄公长孙顺德、郧公张亮、陈公侯君集、郯襄公张公谨、卢公程知节、永兴文懿公虞世南、渝襄公刘政会、莒公唐俭、英公李世积、胡壮公秦叔宝。
齐州都督齐王李佑，性情轻浮躁动，他的舅舅、尚乘直长阴弘智劝说他说：“大王的兄弟有很多，陛下去世之后，大王应当招揽壮士来保卫自己。” 李佑认为阴弘智说得对。阴弘智于是举荐自己妻子的哥哥燕弘信，李佑很喜欢燕弘信，赏赐给他大量的金银珠宝，让他暗中招募敢死之士。
太宗挑选刚正不阿的人来辅佐各位亲王，担任长史、司马，亲王有过错，就向太宗禀报。李佑亲近小人，喜好打猎，长史权万纪屡次劝谏，李佑都不听从。壮士昝君謩、梁猛彪得到李佑的宠爱，权万纪将他们弹劾驱逐，李佑又暗中将他们召回，对他们的宠爱更加深厚。太宗多次写信严厉责备李佑，权万纪担心自己也会受到牵连，对李佑说：“大王如果确实能够改过自新，我请求入朝向陛下说明情况。” 于是权万纪列出李佑的过失，逼迫他上表自首，李佑因为害怕而听从了权万纪的建议。权万纪抵达京城，对太宗说李佑一定能够改过自新。太宗非常高兴，勉励了权万纪，同时又列举了李佑之前的过失，用敕书告诫他。李佑听说后，大怒说：“长史出卖我！他劝说我自首，却把功劳归于自己，我一定要杀死他。” 太宗认为校尉、京兆人韦文振谨慎正直，任命他为李佑王府的典军，韦文振屡次劝谏李佑，李佑也厌恶他。
权万纪性情狭隘，专门以苛刻严厉的方式约束李佑，不允许他走出城门，将他的鹰犬全部放掉，禁止昝君謩、梁猛彪见到李佑。恰逢权万纪的宅院中夜里落下一块土块，权万纪认为是昝君謩、梁猛彪想要谋杀自己，于是将他们全部逮捕关押，通过驿站向太宗禀报，同时弹劾了几十名与李佑一同作恶的人。太宗派遣刑部尚书刘德威前往齐州调查核实，事情大多得到证实，太宗下诏命令李佑与权万纪一同入朝。李佑长期积累的怨恨爆发，于是与燕弘信的哥哥燕弘亮等人谋划杀死权万纪。权万纪奉诏先行出发，李佑派遣燕弘亮等二十多名骑兵追赶，将权万纪射死。李佑的党羽共同逼迫韦文振，想要让他参与谋反，韦文振不从，骑马逃奔了几里地，被李佑的人追上杀死。齐王府的僚属吓得两腿发抖，跪在地上叩头，不敢抬头看李佑。李佑于是私自任命自己为上柱国、开府等官职，打开府库，赏赐财物给部下，驱赶百姓进入城中，修缮铠甲兵器和城楼，设置了拓东王、拓西王等官职。官吏和百姓抛弃妻子儿女，在夜里用绳索吊下城墙逃亡的人络绎不绝，李佑无法禁止。三月丙辰日，太宗下诏命令兵部尚书李世积等人调发怀、洛、汴、宋、潞、滑、济、郓、海九州的兵力，讨伐李佑。太宗赐给李佑亲手写的敕书说：“我常常告诫你不要亲近小人，正是为了防止今天这样的事情发生。”
李佑召集燕弘亮等五人在卧室中留宿，其余的党羽分别统领士兵，巡视城池，自行守卫。李佑每天夜里都与燕弘亮等人对着嫔妃宴饮，认为自己已经得志；在嬉戏谈笑的时候，谈到唐朝的军队，燕弘亮等人说：“大王不必担忧！我们右手拿着酒杯，左手为大王挥舞刀剑，击退敌军！” 李佑非常高兴，认为他们说得对。李佑向各个县发布檄文，各个县都不肯听从。当时李世积的军队还没有抵达，而青、淄等几个州的兵力已经聚集在齐州边境。齐王府的兵曹杜行敏等人暗中谋划擒获李佑，李佑身边的人和官吏百姓中没有参与谋反的人，无不响应杜行敏。庚申日夜里，齐州城四面鼓声大作，呐喊声传到几十里之外。李佑的党羽中有居住在城外的，都被众人合力杀死。李佑询问是什么声音，身边的人欺骗他说：“英公李世积率领飞骑已经登上城墙了。” 杜行敏分兵凿开城墙，进入城中，李佑与燕弘亮等人穿着铠甲，手持兵器，躲在卧室里，关闭房门抵抗。杜行敏等一千多人将卧室包围，从早晨一直到中午，都没有攻克。杜行敏对李佑说：“大王从前是帝王的儿子，如今却成为国家的叛贼，如果不迅速投降，就会被烧成灰烬。” 于是下令堆积柴草，想要焚烧卧室。李佑从窗户缝隙中对杜行敏说：“我立即打开房门投降，只担心燕弘亮兄弟会被杀死。” 杜行敏说：“我一定会保全他们的性命。” 李佑等人于是走出卧室投降。有的人挖出燕弘亮的眼睛，将眼珠扔在地上，其余的人都打断了燕弘亮兄弟的腿，然后将他们杀死。杜行敏擒获李佑，将他带到牙帐前，展示给官吏百姓看，然后将他关押在东厢房，齐州之乱全部平定。乙丑日，太宗下诏命令李世积等人停止进军。李佑被押送到京城，在内侍省被赐死，参与谋反的党羽被诛杀的有四十四人，其余的人都没有被追究。
李佑刚开始谋反的时候，齐州人罗石头当面列举他的罪行，手持长枪走上前，想要刺杀他，被燕弘亮杀死。李佑率领骑兵攻打高村，村民高君状在远处责备李佑说：“主上手持三尺宝剑夺取天下，亿万百姓蒙受恩德，敬仰他如同敬仰上天。大王突然驱赶城中的几百人，想要发动叛乱，侵犯君主父亲，这无异于用一只手摇动泰山，实在是太不自量力了！” 李佑下令攻打高君状，将他俘虏，因为惭愧而没有杀死他。太宗下诏追赠罗石头为亳州刺史，任命高君状为榆社县令，任命杜行敏为巴州刺史，封为南阳郡公；参与谋划擒获李佑的人，根据功劳大小，分别得到了不同的官职和赏赐。
太宗查阅李佑家中的文书奏疏，发现了记室、郏城人孙处约的劝谏书，对他大加赞赏，将他多次升迁为中书舍人。庚午日，太宗追赠权万纪为齐州都督，赐爵武都郡公，谥号为敬；追赠韦文振为左武卫将军，赐爵襄阳县公。
起初，太子李承乾喜爱声色犬马和打猎，所作所为奢侈靡费，他害怕太宗知道这些事情，在面对东宫的臣僚时，常常谈论忠孝之道，有时甚至流下眼泪，退回到宫中之后，就与一群小人亲昵嬉戏。东宫的臣僚中有想要劝谏的人，太子总是先揣摩出他们的意图，然后主动迎上前去叩拜，表情严肃地端正坐着，主动承认错误，自责不已，言辞敏捷善辩，让劝谏的臣僚来不及应答。东宫的秘密，外人无从知晓，所以当时的舆论起初都称赞太子贤明。
太子制作了一个八尺高的铜炉和六个隔层的大鼎，招募逃亡的奴仆，偷盗民间的马牛，太子亲自到场烹煮，与他宠爱的仆役一同食用。太子还喜欢模仿突厥人的语言和服饰，挑选身边容貌与突厥人相似的五个人，组成一个部落，梳着辫子，穿着羊皮衣服，放牧羊群，制作了五面狼头大旗和幡旗，设置了穹庐，太子自己居住在里面，将羊聚集起来烹煮，拔出佩刀割肉，相互喂食。太子还曾经对身边的人说：“我试着假装可汗去世，你们模仿突厥人的丧礼。” 于是太子僵卧在地上，众人都大声号哭，骑着马绕着他行走，用刀割破自己的脸，表达哀痛。过了很久，太子突然站起来，说：“有朝一日我统治天下，将要率领几万骑兵在金城以西打猎，然后解开头发，成为突厥人，投靠思摩可汗，如果能担任一个设官，我也不会落在别人后面。”
左庶子于志宁、右庶子孔颖达屡次劝谏太子，太宗赞赏他们，赏赐给他们金银布帛，以此告诫激励太子，同时升任于志宁为太子詹事。于志宁与左庶子张玄素屡次上书直言劝谏，太子暗中派人想要杀死他们，没有成功。
汉王李元昌的所作所为大多违法乱纪，太宗多次谴责他，因此他心中怨恨。太子与他关系亲密，朝夕相伴，一同游戏，将身边的人分成两队，太子与李元昌各自统领一队，穿着毡甲，手持长矛，布阵大声呼喊，相互交战，击刺流血，以此为乐。有不服从命令的人，就把他们绑在树上鞭打，甚至有被打死的。太子还说：“如果我今天就能成为天子，明天就在宫苑中设置万人军营，与汉王分别统领，观看他们交战，难道不是很快乐吗！” 又说：“我成为天子之后，要尽情放纵欲望，有劝谏我的人就杀死他，不过杀死几百人，众人自然就会安定下来。”
魏王李泰多才多艺，受到太宗的宠爱，他看到太子有脚疾，暗中产生了夺取嫡子之位的念头，于是降低自己的身份，礼遇士人，以谋求声誉。太宗命令黄门侍郎韦挺代理魏王李泰王府的事务，后来又命令工部尚书杜楚客取代他，这两个人都为李泰结交朝中的大臣。杜楚客有时怀揣黄金，贿赂权贵，趁机劝说他们，魏王李泰聪明贤能，应当成为太子；文武大臣各自有所依附，暗中结成朋党。太子害怕李泰的逼迫，派人假装成李泰王府的典签，呈上密封的奏章，奏章中都列举了李泰的罪恶，太宗下令逮捕这个人，没有抓到。
太子私下宠爱太常寺的乐童称心，与他一同起居。道士秦英、韦灵符凭借旁门左道，得到太子的宠爱。太宗听说后，大怒，将称心等人全部逮捕处死，受牵连被处死的有好几人，太宗对太子的责备也非常严厉。太子认为是李泰告发了他，对李泰的怨恨更加深厚，对称心思念不已，在宫中建造了一座房屋，竖立称心的画像，每天早晚都祭奠他，徘徊流泪。太子还在宫苑中为称心建造了坟墓，私下追赠他官职，树立石碑。太宗心中逐渐对太子不满，太子也知道这一点，常常称病不上朝，有时一病就是几个月；太子暗中豢养刺客纥干承基等人以及一百多名壮士，想要谋杀魏王李泰。
吏部尚书侯君集的女婿贺兰楚石担任东宫的千牛卫，太子知道侯君集心中怨恨，多次让贺兰楚石带领侯君集进入东宫，向他询问保全自己的方法。侯君集认为太子昏庸无能，想要趁机图谋不轨，于是劝说太子谋反，举起手对太子说：“这双好手，将会为殿下效力。” 又说：“魏王受到主上的宠爱，恐怕殿下会遭遇当年杨勇那样被废黜的灾祸，如果主上下令召见殿下，殿下应当暗中做好防备。” 太子非常赞同侯君集的话。太子用丰厚的财物贿赂侯君集以及左屯卫中郎将、顿丘人李安俨，让他们窥探太宗的心意，将太宗的一举一动都告知自己。李安俨之前侍奉隐太子李建成，李建成失败之后，李安俨为他奋力作战，太宗认为他忠诚，所以亲近信任他，让他掌管宿卫事务。李安俨也暗中依附太子。
汉王李元昌也劝说太子谋反，并且说：“近来我看到主上身边有一位美人，擅长弹奏琵琶，事成之后，希望殿下能把她赏赐给我。” 太子答应了他。洋州刺史、开化公赵节，是赵慈景的儿子，他的母亲是长广公主；驸马都尉杜荷，是杜如晦的儿子，娶城阳公主为妻；他们都受到太子的亲近，参与了太子的谋反计划。所有参与谋反的人都割破手臂，用绢帛擦拭鲜血，将血灰混在酒中喝下，发誓同生共死，暗中谋划率领军队进入西宫。杜荷对太子说：“天象有变化，应当迅速发动叛乱，以顺应天象。殿下只需声称突发重病，病情危急，主上一定会亲自前来探望，趁机就可以实现图谋。” 太子听说齐王李佑在齐州谋反，对纥干承基等人说：“我东宫的西墙，距离皇宫只有二十步罢了，我与你们谋划大事，难道还比不上齐王吗！” 恰逢朝廷审理齐王李佑谋反的案件，牵连到纥干承基，纥干承基被关押在大理寺监狱，应当判处死刑。